Un recente studio metagenomico ha rivelato uno spettro notevolmente diversificato di virus e batteri trasmessi dai roditori nella provincia di Heilongjiang, tra cui il virus Lassa, il virus Amur, la Salmonella e la Yersinia pestis.
La ricerca ha utilizzato ilKit di arricchimento dell'RNA patogeno da macro e micro-test, basato sulla tecnologia di cattura della sonda. Depletando selettivamente l'rRNA dell'ospite e altri frammenti conservati dell'ospite, il metodo ha trattenuto efficacemente l'RNA microbico, migliorando significativamente la sensibilità di rilevamento dei patogeni. Questa fase di arricchimento dell'RNA del patogeno è stata fondamentale per raggiungere un elevato tasso di rilevamento e ha fornito un solido supporto tecnico per la sorveglianza dei patogeni.
Roditori: principali serbatoi di malattie zoonotiche
I roditori sono il gruppo di mammiferi più ricco di specie e più ampiamente distribuito: comprendono più di 2.000 specie in tutto il mondo e rappresentano oltre il 40% di tutte le specie di mammiferi.
Oltre alla loro importanza ecologica, i roditori costituiscono importanti serbatoi e vettori di numerosi agenti patogeni zoonotici.Poiché gli habitat dei roditori spesso si sovrappongono agli ambienti umani (attraverso morsi diretti, contatto con escrementi o trasmissione indiretta tramite pulci e acari), gli agenti patogeni che ospitano rappresentano minacce persistenti per la salute pubblica.
In particolare, oltre il 70% delle malattie infettive emergenti ha origine dalla fauna selvatica, e i roditori rappresentano uno dei serbatoi virali più importanti.
Regione di confine dell'Heilongjiang: una prima linea per la sorveglianza dei patogeni
L'Heilongjiang, una provincia di confine nella Cina nord-orientale, possiede abbondanti risorse ecologiche e confina con diversi Paesi. La combinazione di una ricca biodiversità e di frequenti spostamenti transfrontalieri della popolazione crea condizioni favorevoli alla trasmissione di agenti patogeni.
Tra giugno e luglio 2021, i ricercatori hanno raccolto 67 roditori selvatici nella città di Hengdaohezi, nella città di Mudanjiang. I campioni includevano:
l 20Apodemus peninsulae
l 47Myodes rufocanus
Tutti gli esemplari sono stati catturati in aree residenziali e terreni agricoli circostanti, evidenziando la stretta interazione tra insediamenti umani e habitat della fauna selvatica.
Tecnologia di arricchimento dei patogeni: superare l'interferenza di fondo dell'ospite
Nel sequenziamento metagenomico, l'RNA dell'ospite solitamente domina le letture del sequenziamento, mascherando i segnali dei patogeni a bassa abbondanza.
Per affrontare questa sfida, lo studio ha impiegatoKit di rilevamento metagenomico dei patogeni di Macro & Micro-Test. Utilizzando la tecnologia di cattura delle sonde, sonde appositamente progettate si legano all'rRNA dell'ospite e alle sequenze conservate, consentendone l'esaurimento e arricchendo così l'RNA microbico.
Questo approccio ha migliorato notevolmente la sensibilità di rilevamento dei patogeni, consentendo al sequenziamento a valle di recuperare una percentuale maggiore di letture di patogeni. La fase di arricchimento ha gettato solide basi per una caratterizzazione accurata dello spettro dei patogeni trasportati dai roditori.
Dopo l'arricchimento, i campioni di RNA sono stati sottoposti a trascrizione inversa, creazione di librerie e sequenziamento ad alto rendimento. L'analisi bioinformatica ha incluso:
l Filtraggio del genoma dell'ospite
l Classificazione tassonomica utilizzando Kraken2
l Correzione dell'abbondanza con Bracken
Questo flusso di lavoro ha generato un profilo completo delle comunità virali e batteriche.
Risultati della ricerca: co-circolazione di più virus e batteri
Risultati virali
I virus rilevati appartenevano a 21 famiglie virali, tra cuiArenaviridaeEHantaviridae.
Attraversodi nuovoassemblaggio utilizzando Megahit, sono stati generati 154 contig virali, di cui 110 allineati con 19 virus di otto famiglie.
In Apodemus peninsulae, sono stati identificati i seguenti virus:
l Arenavirus: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirus: virus Amur, virus Puumala
In Myodes rufocanusSono stati rilevati l'arterivirus del ratto e il virus dell'Amur.
Tra questi agenti patogeni:
Il virus Lassa è l'agente eziologico della febbre emorragica virale, con tassi di mortalità che raggiungono circa il 20%.
Il virus dell'Amur è uno dei patogeni responsabili della febbre emorragica con sindrome renale (HFRS). La Cina registra il più alto tasso globale di infezioni da hantavirus.
Risultati batterici
Sono stati annotati in totale 1.051 generi batterici.
I generi più abbondanti erano:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellaè un importante agente patogeno trasmesso tramite alimenti, responsabile di circa 9 milioni di casi di febbre tifoide e di circa 110.000 decessi all'anno in tutto il mondo.
Yersinia pestis, l'agente eziologico della peste, è stato responsabile di tre pandemie storiche. La provincia di Heilongjiang è riconosciuta come uno dei focolai naturali di peste in Cina e rimane una regione prioritaria per la sorveglianza della peste.
Significato dello studio
Contributi scientifici
Questo studio rappresenta il primo rapporto sui frammenti del virus Lassa e sul virus dell'arterite del ratto nei roditori dell'Heilongjiang, ampliando il database cinese sui patogeni trasmessi dai roditori.
Caratterizza sistematicamente le comunità virali e batteriche nelle popolazioni locali di roditori, fornendo dati di base per la sorveglianza delle malattie zoonotiche nelle regioni di confine.
Implicazioni per la salute pubblica
I risultati evidenziano la necessità di una sorveglianza continua e di uno screening dei patogeniA. peninsulaeEM. rufocanus.
I dati forniscono prove scientifiche a sostegno delle strategie di controllo alla fonte per malattie come la peste e la febbre emorragica con sindrome renale.
Punti di forza metodologici
Il sequenziamento metagenomico consente il rilevamento imparziale di agenti patogeni noti e nuovi.
In questo studio, la tecnologia di arricchimento dei patogeni di Macro & Micro-Test ha dimostrato ottime prestazioni, migliorando efficacemente il rilevamento dei patogeni target in campioni biologici complessi. I risultati confermano la sua capacità di supportare l'identificazione di patogeni ad alta sensibilità nella sorveglianza della fauna selvatica.
Raccomandazione del prodotto
Sulla base del successo della sua applicazione in questo studio, il kit di arricchimento dell'RNA del patogeno Macro & Micro-Test è altamente raccomandato per la ricerca sulla sorveglianza metagenomica.
Grazie all'efficiente deplezione degli acidi nucleici dell'ospite e all'arricchimento delle sequenze microbiche, il kit migliora significativamente la sensibilità di rilevamento e la qualità dei dati. Rappresenta uno strumento essenziale per l'individuazione accurata di patogeni in campioni complessi e fornisce un solido supporto tecnico per la sorveglianza della salute pubblica, la valutazione del rischio zoonotico e la preparazione alle epidemie.
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Data di pubblicazione: 02-03-2026