Un recente studio metagenomico ha rivelato una notevole diversità di virus e batteri trasportati dai roditori nella provincia di Heilongjiang, tra cui il virus di Lassa, il virus di Amur, la Salmonella e la Yersinia pestis.
La ricerca ha utilizzato ilKit di arricchimento dell'RNA patogeno di Macro & Micro-Testbasato sulla tecnologia di cattura delle sonde. Attraverso la deplezione selettiva dell'rRNA dell'ospite e di altri frammenti conservati dell'ospite, il metodo ha efficacemente preservato l'RNA microbico, migliorando significativamente la sensibilità di rilevamento dei patogeni. Questa fase di arricchimento dell'RNA del patogeno è stata fondamentale per ottenere un elevato tasso di rilevamento e ha fornito un solido supporto tecnico per la sorveglianza dei patogeni.
Roditori: principali serbatoi di malattie zoonotiche
I roditori sono il gruppo di mammiferi più ricco di specie e più diffuso, comprendente oltre 2.000 specie in tutto il mondo e rappresentando oltre il 40% di tutte le specie di mammiferi.
Oltre alla loro importanza ecologica, i roditori fungono da importanti serbatoi e vettori di numerosi agenti patogeni zoonotici.Poiché gli habitat dei roditori spesso si sovrappongono agli ambienti umani – attraverso morsi diretti, contatto con gli escrementi o trasmissione indiretta tramite pulci e acari – gli agenti patogeni che ospitano rappresentano una minaccia costante per la salute pubblica.
In particolare, oltre il 70% delle malattie infettive emergenti ha origine dalla fauna selvatica, e i roditori rappresentano uno dei serbatoi virali più significativi.
Regione di confine di Heilongjiang: una prima linea per la sorveglianza degli agenti patogeni
L'Heilongjiang, provincia di confine nella Cina nord-orientale, possiede abbondanti risorse ecologiche e confina con numerosi paesi. La combinazione di una ricca biodiversità e frequenti spostamenti di popolazione transfrontalieri crea condizioni favorevoli alla trasmissione di agenti patogeni.
Tra giugno e luglio 2021, i ricercatori hanno raccolto 67 roditori selvatici nella città di Hengdaohezi, a Mudanjiang. I campioni includevano:
l 20Apodemus Peninsulae
l 47Miodes rufocanus
Tutti gli esemplari sono stati catturati in aree residenziali e terreni agricoli circostanti, evidenziando la stretta interazione tra insediamenti umani e habitat della fauna selvatica.
Tecnologia di arricchimento dei patogeni: superare le interferenze di fondo dell'ospite
Nel sequenziamento metagenomico, l'RNA dell'ospite in genere domina le sequenze lette, mascherando i segnali di patogeni a bassa abbondanza.
Per affrontare questa sfida, lo studio ha impiegatoKit per la rilevazione metagenomica di agenti patogeni di Macro & Micro-Test. Grazie alla tecnologia di cattura delle sonde, sonde appositamente progettate si legano all'rRNA dell'ospite e alle sequenze conservate, consentendone l'esaurimento e arricchendo così l'RNA microbico.
Questo approccio ha migliorato significativamente la sensibilità del rilevamento dei patogeni, consentendo al sequenziamento successivo di recuperare una percentuale maggiore di sequenze patogene. La fase di arricchimento ha gettato solide basi per la caratterizzazione accurata dello spettro di patogeni presenti nei roditori.
Dopo l'arricchimento, i campioni di RNA sono stati sottoposti a trascrizione inversa, costruzione della libreria e sequenziamento ad alto rendimento. L'analisi bioinformatica ha incluso:
l Filtraggio del genoma ospite
l Classificazione tassonomica tramite Kraken2
l Correzione dell'abbondanza con Bracken
Questo flusso di lavoro ha generato un profilo completo delle comunità virali e batteriche.
Risultati della ricerca: co-circolazione di molteplici virus e batteri
Risultati virali
I virus rilevati appartenevano a 21 famiglie virali, tra cuiArenaviridaeEHantaviridae.
Attraversode novoGrazie all'assemblaggio effettuato con Megahit, sono stati generati 154 contig virali, di cui 110 si sono allineati con 19 virus appartenenti a otto famiglie.
In Apodemus PeninsulaeSono stati identificati i seguenti virus:
l Arenavirus: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirus: virus Amur, virus Puumala
In Miodes rufocanusSono stati rilevati l'arterivirus del ratto e il virus dell'Amur.
Tra questi agenti patogeni:
Il virus di Lassa è l'agente eziologico di una febbre emorragica virale, con tassi di mortalità che raggiungono circa il 20%.
Il virus dell'Amur è uno degli agenti patogeni responsabili della febbre emorragica con sindrome renale (HFRS). La Cina registra il più alto numero di infezioni da hantavirus a livello globale.
Risultati dell'analisi batteriologica
Sono stati annotati complessivamente 1.051 generi batterici.
I generi più abbondanti erano:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellaè un importante agente patogeno di origine alimentare, responsabile di circa 9 milioni di casi di febbre tifoide e di circa 110.000 decessi all'anno in tutto il mondo.
Yersinia pestisIl batterio responsabile della peste è stato la causa di tre pandemie storiche. La provincia di Heilongjiang è riconosciuta come uno dei focolai naturali di peste in Cina e rimane una regione prioritaria per la sorveglianza epidemiologica.
Significato dello studio
Contributi scientifici
Questo studio rappresenta la prima segnalazione di frammenti del virus di Lassa e del virus dell'arterite del ratto nei roditori provenienti dall'Heilongjiang, ampliando così il database cinese dei patogeni trasmessi dai roditori.
Questo studio caratterizza sistematicamente le comunità virali e batteriche presenti nelle popolazioni locali di roditori, fornendo dati di base per la sorveglianza delle malattie zoonotiche nelle regioni di confine.
Implicazioni per la salute pubblica
I risultati evidenziano la necessità di una sorveglianza continua e di uno screening dei patogenipenisola A.EM. rufocanus.
I dati forniscono prove scientifiche a sostegno delle strategie di controllo alla fonte per malattie come la peste e la febbre emorragica con sindrome renale.
Punti di forza metodologici
Il sequenziamento metagenomico consente l'individuazione imparziale di agenti patogeni sia noti che nuovi.
In questo studio, la tecnologia di arricchimento dei patogeni di Macro & Micro-Test ha dimostrato prestazioni elevate, migliorando efficacemente il rilevamento dei patogeni target in campioni biologici complessi. I risultati confermano la sua capacità di supportare l'identificazione di patogeni ad alta sensibilità nella sorveglianza della fauna selvatica.
Raccomandazione del prodotto
In base alla sua applicazione di successo in questo studio, il kit Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment è fortemente raccomandato per la ricerca di sorveglianza metagenomica.
Grazie all'efficiente deplezione degli acidi nucleici dell'ospite e all'arricchimento delle sequenze microbiche, il kit migliora significativamente la sensibilità di rilevamento e la qualità dei dati. Rappresenta uno strumento essenziale per l'identificazione accurata di agenti patogeni in campioni complessi e fornisce un solido supporto tecnico per la sorveglianza della salute pubblica, la valutazione del rischio zoonotico e la preparazione alle epidemie.
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Data di pubblicazione: 2 marzo 2026